De enquêteprocedure kent verschillende fasen.
In de eerste fase moet de Ondernemingskamer beoordelen of er een onderzoek moet komen en of er aanleiding is eventuele verzochte onmiddellijke voorzieningen te gelasten. Om een onderzoek te kunnen gelasten moet de Ondernemingskamer tot het oordeel komen dat er gegronde redenen zijn om aan een juist beleid of een juiste gang van zaken binnen de rechtspersoon te twijfelen. Als de Ondernemingskamer oordeelt dat dit zo is, wordt een onderzoek gelast (waarbij de Ondernemingskamer pleegt aan te geven op welke periode en op welke specifieke delen van het beleid het onderzoek zich moet richten) en een onderzoeker benoemd. Pas in de tweede fase stelt de Ondernemingskamer op verzoek van partijen vast of uit het onderzoeksverslag van wanbeleid is gebleken.
De enquêteprocedure is een verzoekschriftprocedure en wordt ingeleid met een verzoekschrift dat moet worden ingediend bij de Ondernemingskamer en waarin de rechtspersoon als verweerder is opgenomen en de andere bij de rechtspersoon betrokkenen (bijvoorbeeld aandeelhouders) als belanghebbenden worden genoemd. Voorafgaand aan de mondelinge behandeling zal de Ondernemingskamer de verweerder en alle belanghebbenden uitnodigen een verweerschrift in het geding te brengen. Dit verweerschrift kan een zelfstandig tegenverzoek bevatten.
Na de schriftelijke ronde vindt er een mondelinge behandeling plaats, waarin de Ondernemingskamer partijen de gelegenheid biedt om het verzoek en de verweerschriften nader toe te lichten. De Ondernemingskamer is samengesteld uit drie gespecialiseerde rechters en twee gespecialiseerde “raden” met een financiële achtergrond, en is daarom zeer goed in staat om in korte tijd de dynamiek en de bedrijfseconomische achtergrond van het voorliggende geschil te doorgronden.
Hoewel het belang van de vennootschap centraal staat in de enquêteprocedure, wordt de procedure vaak gebruikt als breekijzer in een aandeelhoudersgeschil. De Ondernemingskamer is zich daarvan bewust en gebruikt in dat soort gevallen de mondelinge behandeling om te onderzoeken of er de mogelijkheid is om partijen richting een regeling te bewegen. Daarbij denkt zij actief mee en kan zij een regeling in verregaande mate faciliteren (bijvoorbeeld door het aanwijzen of voorstellen van een bindend adviseur, een waarderingsdeskundige of een mediator).
Artikel 2:350 BW bepaalt dat een verzoek tot het instellen van een onderzoek wordt toegewezen indien blijkt van gegronde redenen om aan een juist beleid of juiste gang van zaken te twijfelen. De maatstaf “gegronde redenen om aan een juist beleid te twijfelen” is zeer feitelijk van aard. Het moet gaan om feiten en omstandigheden die tezamen een behoorlijke kans inhouden dat bij nader onderzoek blijkt van onjuist beleid. Deze maatstaf houdt in dat ook bij deze beoordeling van de feiten door de Ondernemingskamer een zekere beleidsvrijheid van de vennootschap moet worden gerespecteerd. De toets ‘gegronde redenen om te twijfelen aan een juist beleid’ is een lichtere dan de toets ‘wanbeleid’. Enkele voorbeelden van omstandigheden die blijkens de jurisprudentie van de Ondernemingskamer geregeld tot gegronde redenen leiden zijn: