Indien de verzoeker of andere betrokkenen die het recht van enquête hebben vinden dat hieruit blijkt dat sprake is (geweest) van wanbeleid, kunnen zij de Ondernemingskamer binnen twee maanden na de neerlegging van het verslag ter griffie verzoeken vast te stellen dat uit het verslag inderdaad wanbeleid naar voren komt. Daarbij kan de Ondernemingskamer, als is gebleken van wanbeleid, een aantal (verregaande) maatregelen treffen, zoals vernietiging van een besluit, ontslag van een bestuurder, of zelfs ontbinding van de vennootschap.
De tweede fase vangt aan met het indienen van een verzoekschrift tot het vaststellen dat van wanbeleid sprake is (art. 2:355 lid 2 BW). Dit moet uiterlijk binnen twee maanden nadat het verslag van het onderzoek bij de griffie is gedeponeerd aan de Ondernemingskamer worden gedaan. Als geen verzoek wordt gedaan eindigt de procedure en vervallen de bevolen voorzieningen van rechtswege.
Het verzoekschrift moet duidelijk aangeven welke uit het onderzoeksverslag volgende feiten en omstandigheden ten grondslag liggen aan zijn verzoek tot vaststelling van wanbeleid. Een enkele verwijzing naar de inhoud van het onderzoeksrapport is onvoldoende.
Het onderzoeksverslag moet aanknopingspunten bieden voor het oordeel dat sprake is van wanbeleid. De invulling van het begrip wanbeleid volgt uit jurisprudentie van de Ondernemingskamer en de Hoge Raad. Van wanbeleid kan sprake zijn indien uit het onderzoeksverslag is gebleken van een of meer handelingen van de rechtspersoon die afzonderlijk of in onderlinge samenhang, mede gelet op de aard van de rechtspersoon en de aard en terrein van haar werkzaamheden, kwalificeren als onzorgvuldig of laakbaar handelen van een zo ernstig karakter dat moet worden geoordeeld dat de rechtspersoon in strijd heeft gehandeld met elementaire beginselen van verantwoord ondernemerschap.
Niet iedere of incidentele beleidsfout kan als wanbeleid worden aangemerkt. Wanbeleid hoeft geen structureel karakter te hebben maar kan ook bestaan in een enkele gedraging, bijvoorbeeld indien deze tot voor de onderneming zeer nadelige gevolgen heeft geleid. Voor wanbeleid is niet vereist dat aan bestuurders en/of commissarissen persoonlijk wanbeleid kan worden verweten of dat schade het gevolg is.
In de praktijk gaat het vaak om belangenverstrengeling, leningen aan derden en aandeelhouders, gebrekkige informatievoorzieningen, schending van belangen van minderheidsaandeelhouders, verstoorde verhoudingen, gebrekkig financieel beleid, of gebrekkige corporate governance.
Art. 2:355 lid 1 BW bepaalt wie bevoegd zijn een verzoekschrift in de tweede fase in te dienen. Het verzoek kan in alle gevallen worden gedaan door degenen die het oorspronkelijke enquêteverzoek hebben gedaan. Daling in belang in de tweede fase doet niet ter zake (binnen is dus binnen). Meerdere aandeelhouders die tezamen de drempel van 10% haalde, kunnen echter niet individueel een tweede fase verzoek doen wanneer zij een belang lager dan 10% hebben. Ook anderen voor wie het onderzoeksverslag ter inzage ligt en die aan de in art. 2:346 BW of art. 2:347 BW gestelde eisen voldoen, mogen de Ondernemingskamer verzoeken wanbeleid vast te stellen. In faillissement is ook de curator bevoegd (voor een zogenaamde inquisitoire enquête).
Pas wanneer de Ondernemingskamer oordeelt dat sprake is van wanbeleid van de rechtspersoon, is het treffen van de eindvoorziening mogelijk. Het doel van de eindvoorzieningen is immer om een einde te maken aan wanbeleid.
De eindvoorzieningen zijn opgesomd in art. 2:356 BW. Deze zijn limitatief. Het gaat om:
Indien de Ondernemingskamer wanbeleid vaststelt, is deze vaststelling ook bindend in andere procedures voor degenen die in de onderhavige procedure zijn verschenen en ofwel tot toewijzing van hetgeen verzocht is hebben geconcludeerd, ofwel daartegen verweer hebben gevoerd. Daarmee is echter niet tevens vastgesteld dat en in hoeverre dit wanbeleid aan iedere individuele verweerder kan worden verweten en deze daarvoor dus aansprakelijk kan worden gehouden. In de praktijk is de vaststelling van wanbeleid in combinatie met het onderzoeksverslag als bron voor bewijsmateriaal dikwijls een opstap naar een aansprakelijkheidsprocedure tegen betrokken bestuurders.