De statuten bevatten doorgaans een regeling over de wijze van ontslag van een bestuurder. Vaak strekt die regeling ertoe dat de instantie die de bestuurder benoemt, hem ook kan ontslaan.
Wanneer de statuten niets regelen over ontslag, dan kan de bestuurder onder omstandigheden worden ontslagen door de rechter op grond van art. 2:298 BW. Gronden voor dit ontslag kunnen zijn i) de verwaarlozing van zijn taak, ii) ingrijpende wijzigingen van omstandigheden op grond waarvan het voortduren van zijn bestuurderschap in redelijkheid niet kan worden geduld, iii) andere gewichtige redenen of iv) het niet of niet behoorlijk voldoen aan een door de Voorzieningenrechter van de rechtbank gegeven bevel.
Het verzoek aan de rechtbank tot ontslag van de bestuurder kan worden gedaan door het openbaar ministerie of door een belanghebbende. Wie als belanghebbende kwalificeert, wordt beoordeeld aan de hand van de door de Hoge Raad geformuleerde “twee kringenleer”. Een voorbeeld van een belanghebbende is bijvoorbeeld een lid van de raad van toezicht van de stichting.
De rechtbank kan hangende het onderzoek voorlopige voorzieningen treffen. De rechter kan de bestuurder bijvoorbeeld al schorsen en een tijdelijke bestuurder benoemen. Deze tijdelijke bestuurder heeft gedurende de tijd van zijn benoeming alle bevoegdheden die de wet en de statuten aan de bestuurders van de stichting toekennen, tenzij de rechtbank anders bepaalt.
De wet bewerkstelligt dat commissarissen op dezelfde gronden als bestuurders kunnen worden ontslagen en dat hangende het onderzoek commissarissen door de rechtbank kunnen worden geschorst en de rechtbank voorzieningen in de raad van commissarissen kan treffen. Een ontslag heeft voor commissarissen dezelfde gevolgen als voor bestuurders.