De wet en statuten regelen de interne organisatie van de vereniging. De belangrijkste organen zijn het bestuur en de algemene vergadering. Bij sommige verenigingen is er ook sprake van een raad van commissarissen of een raad van toezicht.
Het bestuur wordt benoemd door de algemene vergadering. De bestuursleden kiezen vervolgens uit hun midden een voorzitter, secretaris en penningmeester, tenzij de statuten een andere regeling voorschrijven. Het bestuur heeft tot taak het besturen van de vereniging en is bevoegd om de vereniging naar buiten toe te vertegenwoordigen. Vaak is deze vertegenwoordigingsbevoegdheid beperkt, bijvoorbeeld door een twee handtekeningenbeperking of voor rechtshandelingen met een bepaald karakter of tot een bepaald bedrag.
De algemene vergadering bestaat uit de leden die ieder één stem hebben. De algemene vergadering is een belangrijk orgaan en benoemt het bestuur. De wet schrijft voor dat het bestuur binnen zes maanden na afloop van het boekjaar en ten minste eenmaal per jaar een algemene ledenvergadering bijeenroept. Dit is het moment dat de leden vragen kunnen stellen en het bestuur verantwoording kan afleggen aan de leden.
Een vereniging moet (minstens twee) leden hebben. Leden zijn wezenlijk voor een vereniging en rechtvaardigen haar bestaan. Over de inhoud van een lidmaatschap (de rechten en verplichtingen die daaraan zijn verbonden) zegt de wet weinig. Dit is lastig, omdat er grote verschillen zijn tussen de verschillende verenigingen. In de meeste statuten wordt wel nader gespecificeerd waar een lid aan moet voldoen, en welke rechten en plichten een lid heeft. Het toelaten van een lid vindt plaats door het nemen van een bestuursbesluit.
Een vereniging kan leden niet dwingen om lid te blijven. Het lidmaatschap kan altijd door het lid worden beëindigd. Het lidmaatschap eindigt voorts door de dood van het lid, tenzij de statuten overgang op grond van het erfrecht toelaten.