Een samenwerking tussen twee professionele partijen kan op verschillende manieren contractueel worden vastgelegd. Er kan een eenmalige samenwerkingsovereenkomst worden gesloten voor een specifiek project of juist een contract voor herhaalde (toekomstige) samenwerking zoals een raamovereenkomst. Over de samenwerkingsovereenkomst zijn in de wet geen bijzondere bepalingen opgenomen. Dit betekent dat partijen een grote mate van vrijheid hebben om de voorwaarden van hun contract te bepalen. De inhoud van een contract mag alleen niet in strijd zijn met de wet, de goede zeden of openbare orde. In dat geval is het contract nietig.
Als een partij niet (volledig) zijn verplichtingen uit de overeenkomst nakomt en wanprestatie pleegt, dan heeft de wederpartij de bevoegdheid het contract te ontbinden. Deze bevoegdheid ontstaat in beginsel pas als de wederpartij is aangemaand om alsnog na te komen. Een dergelijke aanmaning, of sommatie, dient schriftelijk te worden gedaan en de wederpartij dient daarbij een redelijke termijn te krijgen waar binnen hij alsnog dient na te komen. Geeft de wederpartij geen gehoor aan de sommatie, dan kan de overeenkomst buitengerechtelijk of bij de rechter worden ontbonden.
Bij een samenwerkingsovereenkomst gelden de gewone procesregels ten aanzien van de bevoegdheid van de rechter. Een procedure dient bij de rechtbank van de woonplaats (de zetelplaats bij ondernemingen) van de gedaagde partij aanhangig te worden gemaakt. Uitzondering op deze algemene regel is als er in het contract een forumkeuze is gemaakt: de keuze voor een bepaalde rechtbank en locatie (bij uitsluiting van andere rechtbanken). Ook Kunnen partijen zijn overeenkomen dat een geschil niet bij de gewone overheidsrechter moet worden behandeld maar dat arbitrage of mediation moet worden gevolgd. Het is dus belangrijk eerst het contract te raadplegen.
In een juridisch geschil gaat het vaak om de interpretatie van een contractsbepaling. Als partijen ieder een eigen uitleg geven aan een bepaling, zal de rechter moeten bepalen welke uitleg juist is. Deze beoordeling geschiedt aan de hand van het Haviltex-criterium. Toepassing van het Haviltex-criterium betekent dat niet alleen naar de letterlijke tekst van de bepaling moet worden gekeken, maar ook naar de bedoeling van partijen en de context van de bepaling. In dit kader kunnen stukken die voorafgaand aan het sluiten van de samenwerkingsovereenkomst zijn verhandeld bijzonder relevant zijn. Denk aan e-mails waarin over contractsvoorwaarden is onderhandeld, eerdere versies van het contract en een eventuele intentieverklaring (of letter of intent) die partijen hebben gesloten.
Hierboven is al aangegeven wanneer ontbinding van een overeenkomst mogelijk is. Een veel voorkomend onderwerp van geschil is echter de vraag of en hoe de samenwerkingsovereenkomst kan worden beëindigd zonder dat er sprake is van wanprestatie. Of opzegging mogelijk is hangt in de eerste plaats af van wat er in het contract staat en wat voor duur het contract heeft. Als in een overeenkomst voor bepaalde niets is bepaald, dan is tussentijds opzegging in principe niet mogelijk.
Uit vaste rechtspraak van de Hoge Raad volgt dat bij een overeenkomsten voor onbepaalde tijd (ook wel duurovereenkomsten) voorop staat dat deze opzegbaar zijn. Een duurovereenkomst is slechts niet opzegbaar indien volgens de redelijkheid en billijkheid slechts opzegging mogelijk is indien daarvoor een zwaarwegend belang bestaat en dit zwaarwegend belang in een specifiek geval niet is aangetoond. In dat geval kan de partij tegen wie wordt opgezegd voortzetting van de overeenkomst in kort geding vorderen.